Qardaşlar, Trisha vəba öldükdə onu diriltmək üçün qadağan olunmuş insan transmutation texnikasını həyata keçirirlər. Nəticədə, transmutasiya əks təsir göstərir və bərabər mübadilə ilə qanunda, sol ayağı və Alphonse'nin Edwardın bütün bədəni məhv olur. Edward Alphonse-nin ruhunu xilas etmək üçün sağ qolunu itirir və zirehə qan möhürü bağlayır. Roy Mustang, Edvarı Dövlət Alkimyası tərəfindən araşdırılacaq Alphonse cəsədini bərpa etmək üçün bir metod halına dəvət edir. Edward, protez post əzalarını, Fullmetal Alchemist-ə görə ad halına gəlir.
Üç il sonra, Elrics məqsədlərini həyata keçirmək üçün əfsanəvi Filosof Daşı axtarır. Marcoh qeydlərini özləri tərəfindən tapılmaq üçün göndərir, lakin Daşın insan qurbanları olmasının vacib amilini öyrənirlər. Mustangın dostu Maes Hughes araşdırmalarını davam etdirir, lakin Homunculinin strategiyalarını tapdığına görə qısqanclıqla qətlə yetirilir.
İzumi ilə görüşən Elrics, insanın transmutasiyasını ölü körpəsi üzərində işlədiyini öyrənir. Dələduz homunkulus Xəsislik Alphonse'yi ələ keçirir, ancaq Amestrisin prezidenti King Bradley tərəfindən qurtarıldı. Xəsislik, Homunculi'nin atası tərəfindən əridilir və yenidən əmələ gəlir. Winry və Elrics, Hughes ilə getmək üçün Central City-yə qayıdırlar, lakin onun keçdiyini öyrənirlər. Leytenant Maria Ross, Hughes-in qətlinə hazırlaşır, ancaq Mustang tərəfindən öldürülür. Bununla belə, Edward Rossun gedişinin səhnələşdirildiyini öyrənir, belə ki Mustang tərəfindən ABŞ-dan Xingə qaçaqmalçılıq yolu ilə gətirilərək Xing şahzadəsi Ling Yao kömək etdi. Hohenheim, Edward ilə qovuşur, lakin uzun müddət evdə olmadığı üçün onu xorlayır.
Anlatı irəlilədikcə, Homunculilər qəhrəmanlar tərəfindən dəfələrlə qarşılaşır. Mustang şəhvəti öldürür; Mustang və Ling Dolğunluğu ələ keçirirlər, bununla birlikdə Paxıllığı boş yerə, Edward isə Lingə bənzəyən qarnına yeyir. Qarınqulu Alphonse'yi Baba ilə görüşdürməyə aparır, ancaq Ling, başqaları Qarınqulağın qarnından qaçdıqda, doğrudan Homunkula, xüsusilə Xəsisliyin ən yeni avatarına çevrilir. Elrics, Babanın qarşı çıxmaması şərtilə təqiblərinə davam etmək üçün sərbəst buraxılır.
Briggs-in altında yeraltı bir tuneli tapan General Olivier Armstrong, Baba və Elriği taparaq milli bir transmutasiya qrupu yaradır və vətəndaşlarına tanrıya qalxmaq üçün vermək niyyətindədir. Xəsislik, Kimblee Hohenheim'ın ximera köməyindən sonra və Edwardla bir araya gələrək Ataya və əvvəlki öz xatirələrinə xəyanətləri bərpa edir. Hohenheim, övladlarına ölümcül olmadığını fərdi olaraq açıqlayır, dörd yüz il əvvəl Ata tərəfindən sağ bir canlı Fəlsəfə Daşına çevrildi.
Vəd Günü gəlir və Ata tutulma strategiyasına və insan quruluşuna vacib olan fədakarlıqlar kimi çevrilməyə cəhd edənlərə başlamağa hazırlaşır. Müxtəlif qəhrəmanlar bütün Homunculi-nin müddəti bitən Atanın əsirləri ilə ziddiyyət təşkil edirlər. Məcburi bir Mustangın ardından Elrics, Izumi, Hohenheim, baba milli transmutasiyanı aktivləşdirən səbəblər kimi toplanır. Buna baxmayaraq, Scar və Hohenheim, Amestriyalıları əks tədbirlər alaraq xilas etmək üçün aktivləşdirirlər. Xəsislik Baba tərəfindən məhv edilir, baxmayaraq ki, baba qəhrəmanlarının Filosof Daşı'nı yıxmaq üçün onunla döyüşdüyü yer üzündə üzləşir.
Zirehinin hamısı Ataya qarşı son qarşıdurma nəticəsində xarab olan Alphonse, ruhunu sağ qolunu bərpa etmək üçün verir, bu da Atanın Daşını məhv edir və onu yenidən Edward Həqiqət Qapısına göndərir. Edward ruhu və Alphonse'nin cəsədini bərpa etmək üçün simya etmək gücünü itirir. Hohenheim, öldüyü məzarı Trişanın bir təbəssümü ilə görür.
